Heb het uitgezocht. In het kort: Niks aan te doen.
Iets minder kort: Een notificatie wordt gepushed naar alle devices waar je notificaties aan hebt staan. Een notificatie is 24 uur geldig dus als je binnen 24 uur op een ander device inlogt krijg je dezelfde melding(en) te zien. Dit is trouwens niet MF specifiek, alle websites die deze push techniek gebruiken hebben dit.
Het is technisch dus niet mogelijk om vanaf de MF server een notificatie als gelezen te markeren.